日本臨床薬理学会は、1991年に認定医（現在の専門医、以下専門医という）制度を発足させ、一定の資格を有し専門医試験に合格した者を臨床薬理専門医として認定しています。

この学会専門医制度は、「臨床薬理学の専門家としての広い知識と練磨された技能をそなえた優れた医師を社会におくり、社会一般の人々がより有効でかつ安全な薬物治療の恩恵を受けられるために貢献し、併せて臨床薬理学の普及向上を図るため」に制定したものです（学会専門医制度規則第1条）。また、その目的を達成するために「薬物治療の高度な知識と卓越した技能、経験を有し、倫理的・科学的に適正な診療ならびに臨床研究を実施、助言できる医師を，臨床薬理専門医（以下専門医と略記）として認定する」（同第2条）としています。

臨床薬理学に関する専門医制度を制定することの利点は、

などが挙げられます。また臨床薬理学の学問体系と、医学教育における臨床薬理学教育カリキュラムの整備などに拍車がかかることが期待されます。さらに、臨床薬理専門医は、臨床薬理学の研究・教育の活動はもちろんのこと、治験を含む臨床試験の領域において重要な役割（IRBのメンバーを含めて）を果たすことも期待されています。